Свято-Никольский монастырь был основан 8 декабря 1994 г. при храме святителя Николая Чудотворца в г. Гомеле по благословению епископа Гомельского и Жлобинского Аристарха (Станкевича) и инициативе архимандрита Антония (Кузнецова). 31 марта 1900 г. служащими Полесской железной дороги было учреждено попечительство, собиравшее добровольные пожертвования верующих на построение каменной церкви святителя Николая – покровителя путешествующих. Среди жертвователей оказались очень известные люди: святой праведный Иоанн Кронштадтский, приславший средства на строительство и поддерживавший попечительство своими молитвами, княгиня Ирина Ивановна Паскевич-Эриванская, пожертвовавшая участок земли для построения церкви и другие. Прошло четыре года, и 22 октября (4 ноября н. ст.) 1904 г., на праздник Казанской иконы Божией Матери, Никольский храм был освящен. В 1930 г. он был закрыт в числе других храмов г. Гомеля, но в годы Великой Отечественной войны его снова открыли и до 1990 г. он был единственной действующей православной церковью г. Гомеля.
8 декабря 1994 г. при Никольском храме поселились первые послушники. Решением Священного Синода Белорусской Православной Церкви от 21 марта 1995 г. здесь был учрежден Свято-Никольский мужской монастырь, настоятелем которого стал архимандрит Антоний (Кузнецов). С этого времени начала налаживаться монашеская жизнь: был организован братский хор, приходское богослужение постепенно приобрело черты монастырского. Первоначально братия проживала в единственном деревянном братском корпусе, но в 2000 г. был построен и освящен новый каменный корпус братских келлий с большой трапезной. В 2002 г. на пожертвования верующих построена надвратная церковь в честь преподобного Дионисия Радонежского. В том же году начал осуществляться план реконструкции монастыря, предусматривающий расширение Никольского храма, реставрацию колокольни и строительство нового братского корпуса.